育児休業からの復帰で時短勤務を希望する社員への対応は？

(労務管理)
Q
　年明けに育児休業から復職する社員がおり、本人は1日6時間の時短勤務を希望しています。現在弊社は全社員を対象にフレックスタイム制を導入しております。保育園の送迎や通院などで、労働時間が短くなってしまう日があったとしても、他の日に長めに勤務したり、不足時間が生じたら賃金控除すれば良いので、あえて時短としなくともフレックスタイム制の中で対応できるのではと考えていますが、問題ありますか。なお、フレックスタイム制の労使協定に「業務又はその他の都合によりフレックスタイム制を適用すべきでない社員については、個別に労働時間を定めることがある」という文言もあります。


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