長時間労働に関して残業の定義について

残業時間に見合った残業代は支払っている。ただ、長時間労働となっている社員が一定数いる中、残業代は支払っている前提として、実際に労基の監督が入ってしまった場合にどのような視点で検査官にチェックされ、何をもって是正勧告がされるのかを具体的に教えていただけますでしょうか。